En 1998, BMW passe donc en prototype avec la V12 LM. Un patronyme se référant au moteur V12 qui l'équipe, conçu à l'origine pour la McLaren F1 GTR, victorieuse en 1995. Deux exemplaires sont engagés, avec au volant Tom Kristensen-Steve Soper-Hans Joachim Stuck (n°1) et Johnny Cecotto-Pierluigi Martini-Joachim Winkelhock (n°2).
A l'issue des qualifications, la V12 LM de Cecotto-Martini-Winkelhock est le premier prototype sur une grille de départ dominée par les Mercedes CLK LM, Toyota GT-One et Porsche 911 GT1, alors que Kristensen, Stuck et Soper sont douzièmes. Les deux voitures abandonnent en début de course, mais le V12 de la marque à l'hélice signe tout de même à l'arrivée une belle quatrième place, dans la McLaren F1 GTR de Steve O'Rourke-Tim Sugden-Bill Auberlen.
Pour 1999, BMW Motorsport revoit son prototype de fond en comble, en étroite collaboration avec Williams F1 et son directeur technique Patrick Head. Pour cette nouvelle V12 LMR, les équipages sont également remaniés. Pierluigi Martini et Joachim Winkelhock sont rejoints par Yannick Dalmas (n°15). Sur la deuxième voiture (n°17), Tom Kristensen accueille deux nouveaux coéquipiers, le Finlandais JJ Lehto et l'Allemand Jörg Müller. Qualifiées en troisième (n°17) et sixième (n°15) positions, les deux V12 LMR sont en embuscade derrière les Toyota GT-One et Mercedes CLR.
Marquée par la présence d'une pléthore de constructeurs toutes catégories confondues (BMW, Audi, Toyota, Mercedes, Nissan, Porsche, Chrysler), cette 67e édition s'élance sur "un rythme de Grand Prix de Formule 1", selon le souvenir du futur vainqueur Yannick Dalmas. Le spectaculaire envol de la Mercedes de Peter Dumbreck le samedi soir provoque le retrait de la marque à l'étoile et laisse BMW et Toyota en lutte pour la victoire, avec quinze changements de leader.
Leader au classement horaire dix-sept heures durant (dont treize consécutives depuis le samedi 20 h 00), la V12 LMR de Lehto-Kristensen-Müller sort de la piste le dimanche matin et abandonne après 197 tours menés, accélérateur bloqué. Parti sur un rythme moins élevé, le trio Dalmas-Martini-Winkelhock lui succède immédiatement en tête de la course, poursuivi dans le même tour par la Toyota GT-One de Katayama-Suzuki-Tsuchiya. Celle-ci est retardée en toute fin de course par une crevaison, mais parvient à conserver la deuxième place.
BMW s'impose au classement général après 4 967 kilomètres d'une course très disputée sous une météo resplendissante. Un succès complété par la cinquième place d'un prototype V12 LM de 1998 privé, piloté par Thomas Bscher, Bill Auberlen et Steve Soper.
Au fil de ses participations sarthoises, le constructeur allemand cumule huit autres victoires de catégories : 1939 (avec la 328), 1973, 1974, 1976, 1977 (avec la 3.0 CSL), 1975 (avec la 2002), 1984 et 1985 (avec la M1). Il faut y ajouter deux victoires pour la McLaren F1 GTR, au général en 1995 et en catégorie GT1 en 1997.
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Photo (D.R. / Archives ACO) : BMW a largement dominé les 24 Heures du Mans 1999, qui se sont achevées sur la victoire de la V12 LMR (n°15 ici à l'image) de Yannick Dalmas, Pierluigi Martini et Joachim Winkelhock.